O segundo ciclo, ou mestrado em Direito Canônico (Licentia canonica), destina-se aos estudantes que já concluíram o primeiro ciclo – propedêutico – ou tenham a formação filosófico-teológica realizada em um seminário maior ou em outra instituição similar, com a equivalência das disciplinas exigidas para o primeiro ciclo.

O mestrado tem por objetivo o estudo aprofundado do Ordenamento canônico em todas as suas expressões normativas, jurisprudenciais, doutrinais e práticas; ao conhecimento completo de suas fontes – quer magisteriais quer disciplinares – e ao estudo daquelas disciplinas complementares e afins à ciência canônica; ademais de capacitar o candidato para a pesquisa científica e habilitá-lo para as funções executiva e judiciária em instituições eclesiásticas, bem como ao magistério em um Seminário maior ou instituto equivalente

A duração do curso de mestrado é de 6 (seis) semestres (180 créditos ECTS), incluindo os estágios judicial e administrativo obrigatórios, o exame De universo iure canonico e a preparação e apresentação da dissertação, no final do curso.

Ao superar com êxito todos os requisitos do curso de mestrado, o estudante receberá o título de mestre (Licenciatus), em Direito Canônico.